Pierwszy akt założycielski Szkoły Podstawowej nr 39 w Gdańsku pochodzi z roku 1963. Jest to orzeczenie w sprawie organizacji szkoły podstawowej wydane przez Kuratora Okręgu Szkolnego w Gdańsku. Określił obwód, w skład którego weszło 13 ulic Górnego Wrzeszcza.